Julio Pinto ingresó en 1974 a  la Universidad de Yale, Estados Unidos, donde obtuvo el grado de Bachelor of Arts con mención en Historia, titulándose en 1978. Posteriormente, alcanzó el grado de Master of Arts en la misma casa de estudios superiores especializándose en Historia de América Latina. Entre  1982 y 1983 consiguió otra maestría con especialidad en Historia del Cono Sur y América Latina y en 1991 hizo su doctorado en Historia, siempre en la Universidad de Yale.

A partir de 1980 inició su actividad académica en nuestro país, como profesor de jornada parcial en la Facultad de Ciencias Económicas y Administrativas de la Universidad de Chile y otras casas de estudios superiores como las universidades de Talca y  Santiago, ejerciendo como profesor  titular  de esta última en Facultad de Humanidades hasta el día de hoy.  Ha sido catedrático  invitado en varias universidades de Latino América y Europa, por ejemplo: Universidad de la República, Montevideo, Uruguay; Universidad Autónoma Metropolitana, División Azcapotzalco, México D.F o el Instituto de Hautes Études Internationales et du Développement, Ginebra, Suiza.

Junto a su labor docente, ha desarrollado un trabajo investigativo enfocado en el avance económico chileno hacia fines del siglo XIX. Luego su foco de interés se dirigió a los conflictos sociales y políticos durante todo el siglo XX, la conformación del Estado chileno y los acontecimientos ocurridos durante el último cuarto de siglo XX. 

Forma parte del Comité Científico de la revista Historia y del Comité Editorial de Publicaciones LOM. Entre sus publicaciones está: Trabajos y rebeldías en la pampa salitrera (1998), ¿Chilenos todos? La construcción social de la nación (1810-1840) (2009), los dos tomos de Su revolución contra nuestra revolución (2006 y 2008), Luis Emilio Recabarren: Una biografía histórica (2013) y los cinco tomos de Historia Contemporánea de Chile en coautoría con Gabriel Salazar (1999-2002).  En 2016 recibió el  Premio Nacional de Historia.