A fines de la década de 1940 el General Director Reynaldo Espinosa Castro, aprobó el proyecto que dio vida al Club Aéreo Carabineros de Chile, el 16 de junio de 1948. Su objetivo, según el acta de fundación, era: “fomentar dentro de la Institución el gusto y el uso del transporte aéreo, organizando cursos de pilotaje y perfeccionamiento y un servicio experimental aeropolicial ya en práctica en otros países”.

Exactamente un año después y con la participación de toda la comunidad se recaudaron los fondos para adquirir los primeros aviones: De acuerdo a lo indicado en el texto Evolución histórica del Club Aéreo de Carabineros de Chile (1983) el evento se realizó en el Estadio Nacional y asistieron más de 60 mil personas, recaudando una cifra inédita para entonces.

Con ese monto se adquirió en Wichita, Estados Unidos, un Cessna 170 cuadriplaza y un Cessna 140 biplaza, los que fueron  traídos en vuelo a nuestro país por el Mayor Guillermo Fuentes Besoaín, el Capitán Mauricio Von Teuber Stevens y el Teniente René Barrera Vásquez, este último piloteaba el biplaza que capotó en una playa colombiana durante el viaje de regreso a nuestro país, el 14 de agosto de 1949, transformándose en el primer mártir de la aviación institucional.

El primer curso de pilotos se dictó en 1950 y fue organizado por el Club Aéreo, en tanto, la clase inaugural la impartió el Teniente de la Fuerza Aérea Óscar Uribe y correspondió a la cátedra Navegación Aérea.

Unas décadas más tarde, el Club Aéreo fue el punto de partida para la formación de la Brigada Aeropolicial, cuyas operaciones comenzaron el 17 de febrero de 1960. Sus funciones guardaban relación con patrullajes preventivos y apoyo de procedimientos en tierra; traslados de enfermos y lesionados; rescate y evacuación de personas desde lugares de difícil acceso, entre otros.

A meses de su creación cumplió importantes labores de apoyo a la comunidad afectada por el terremoto, que azotó al sur del país en mayo de 1960 y desde entonces, los pilotos de Carabineros de Chile están presentes en todas las eventualidades que requieran su apoyo. 

Una vez conformada esta unidad se inició la era de los helicópteros, éstos llegaron a principios de 1969, se trata de un Hughes 269B biplaza adquirido por el Club Aéreo y más tarde dos Fairchild FH-1100 de cinco plazas, desde ahí en adelante modernizar la flota ha sido una constante. 

El  24 de abril de 1972 cambia su denominación a Prefectura Aeropolicial de Carabineros y comenzó a operar en los terrenos del aeródromo de Tobalaba, manteniendo los objetivos iniciales. Se trata de una unidad especializada que tiene por misión satisfacer las funciones institucionales operativas y de apoyo, mediante la utilización de tecnologías y recursos aeronáuticos. En 1976, Carabineros adquirió los más modernos helicópteros construidos para la función policial: los BO-105 biturbina de gran rapidez y versatilidad, construidos por la fábrica alemana Messerschmitt-Bolkow-Blom. Éstos sirvieron de base para la capacitación de pilotos, médicos y prácticos de primeros auxilios. 

En la actualidad, los helicópteros de Carabineros desarrollan diferentes tareas, las cuales se enmarcan en misiones establecidas institucionalmente y descritas como preventivas, control de orden público, logísticas, comodidad pública, bienestar, docentes y mantenimiento.

Con esta nueva fisonomía la aviación institucional fue cada vez más importante, demostrando la efectividad de sus medios en innumerables misiones de servicio. Mu¬chas de ellas quedaron incorporadas al imaginario colectivo como el rescate efectuado en el incendio de la Torre Santa María en 1981 o durante el aluvión de la Quebrada de Macul en 1993. 

En 2000 la Prefectura cambió de dependencia, desde la Subdirección de Fronteras y Servicios Especiales a la Dirección de Tránsito y Servicios Especiales y, un año más tarde, a la Dirección de Fronteras y Servicios Especializados. El 23 de octubre de 2009, cambió su denominación de Prefectura Aeropolicial de Carabineros por Prefectura Aérea de Carabineros.

En paralelo, con el paso del tiempo, se intensificó la  especialización de pilotos, tarea que hoy coordina el Grupo de Especialidades, dependiente de la Escuela de Especialidades “General Óscar Cristi Gallo”. El proceso de formación consta de clases teóricas y prácticas que se cursan en el Centro de Formación Básica, ubicado en dependencia de la Prefectura que, actualmente cuenta con secciones desde Iquique a Punta Arenas.