A principios del siglo XX el Estado comenzó a otorgar concesiones de tierra en la Patagonia. En 1903 entregó la primera a la Sociedad Industrial de Aisen (SIA). Ésta establece una serie de bodegas y un puerto para el tránsito de productos entre la región y Puerto Montt, base de lo que en 1913 será el poblado de Puerto Aysén. Ese año también se constituye la presencia policial en la zona, producto de un ilícito en la Estancia Baker. Ante la inexistencia policial se envió al Sargento del Cuerpo Carabineros Domingo Zambrano Chávez, quien aclaró el delito y recibió instrucciones de quedarse e instalar un puesto policial en la Administración de la Sociedad Industrial de Aisén. Más tarde, se dispuso la organización de un Escuadrón, para que cubriera servicios en esa zona.

El 30 de diciembre de 1927 se estructuró la división provincial, departamental y territorial de la República, dividiendo el país en 16 provincias y dos territorios: Aysén y Magallanes y el 7 de enero de 1928 se trasladó al territorio de Aysén a los Oficiales de Carabineros de Chile, que integraron la dotación de la Unidad, a cargo del Comandante del Escuadrón de Aysén, Teniente Belisario Fritz Silva, en ese entonces Ayudante del Regimiento Tarapacá, quien dos meses más tarde fue ascendido a Capitán, continuando como Comisario en el Grupo Nº 15, Prefectura de Aysén.

Durante el invierno de 1928 llegó a la zona el Coronel de Carabineros Luis Marchant González, en compañía del personal de la Intendencia, además de 70 Carabineros entre Oficiales y Personal, con sus cabalgaduras y todo su equipo. El 12 de octubre de 1929, el Coronel Marchant fundó la ciudad de Coyhaique, con el nombre de Baquedano.

Desde entonces y a lo largo de nueve décadas, Carabineros de Chile ha brindando a la comunidad un servicio eficiente, donde el desarrollo de labores como la prevención del delito y la mantención de la seguridad y orden público, conforman el objetivo general. En mayo de 1996 se establece la XI Zona de Carabineros de Chile, Aysén, y en 2010 comienza un proceso de modernización de cuarteles.

El sentido del deber, la abnegación del personal y la vocación de servicio, son valores que a diario inspiran la labor que los Carabineros desarrollan en el territorio, ejerciendo soberanía en avanzadas fronterizas, a lo que se suman funciones en el campo, la ciudad; en la cordillera o en la costa. Lo anterior constituye el rol de Integración Nacional definido oficialmente como “el conjunto de actividades que cumple la Institución en aquellos lugares geográficos donde Carabineros garantiza la soberanía”. Función que es especialmente relevante en un territorio disperso como éste, donde se complementa con el de Solidaridad Social o “conjunto de actividades que realiza la Institución en beneficio de la comunidad…” función que se traduce en un trabajo solidario, coordinado y también gratificante.

A través de las aeronaves y lanchas institucionales, Carabineros desempeña un rol social ampliamente valorado por la ciudadanía, permitiendo el traslado de personas con problemas de salud, en medio de un riguroso clima, desde los rincones más apartados de la Región donde los servicios de Orden, Seguridad y Tránsito en sus 28 cuarteles, se complementan con trabajos fronterizos, desarrollando funciones aduaneras en Coyhaique Alto, Balmaceda y Chile Chico. En tanto, los retenes de Puesto Viejo y Lago Castor, durante la época estival, realizan funciones en conjunto con el Servicio Agrícola y Ganadero (SAG) que se instala en el lugar; mientras la Tenencia Puerto Ibáñez, desarrolla esta labor en forma permanente. Por su parte, los retenes: Lago Verde, Retén Río Cisnes, Retén Entrada Baker, Tenencia Río Mayer, Tenencia Hernán Merino Correa y la Subcomisaría Villa O’Higgins, cumplen durante todo el año un control integral en conjunto con el SAG y Aduanas.